La caries es una lesión causada en la superficie de una pieza dental, causada por la producción ácida procedente de un crecimiento masivo de una bacteria llamada Streptococcus mutans —ocasionalmente pueden participar también Actinomyces viscosus y Lactobacillus acidofilus—. 

Estas bacterias forman una estructura asociativa denominada biofilm. Un biofilm es una película de colonias de bacterias, que se disponen estratificadas unas sobre otras, formando capas. Ese biofilm que se forma en los dientes tiene nombre: placa bacteriana. 

Si algún agente desinfectante, como un colutorio bucal, actúa contra ellas, las bacterias de las capas más superficiales mueren, pero las de las capas más profundas pueden sobrevivir. Por eso es un buen hábito lavarse bien los dientes, frotando cada pieza dental con el cepillo y pasar el hilo dental, para romper esos biofilms antes de que sean demasiado resistentes. 

Cuando la capa es suficientemente fuerte, ni el cepillado consigue desprenderla. Cuando esas bacterias reciben alimento —especialmente azúcares—, comienzan a fermentar, y en el proceso generan ácido láctico. El esmalte es una capa dura y muy mineralizada, formada principalmente por hidroxiapatita, un fosfato de calcio. Esto le convierte en un material muy resistente ante casi cualquier adversidad, y la excepción son los ácidos. El ácido láctico producido por las bacterias disuelve el mineral del esmalte, y es lo que, en última instancia, causa la lesión dental que conocemos como caries.