Durante el ejercicio, el sistema nervioso autónomo reacciona al igual que ante cualquier tipo de estrés, de manera que se activa la rama simpática y se inhibe la parasimpática. Tras el ejercicio, la recuperación de ese sistema parasimpático depende del nivel del deportista: a mayor nivel del deportista, mayor capacidad de reactivación vagal (parasimpática).

El sistema parasimpático es el que se encarga de la recuperación, por lo que si este está inhibido y el simpático se mantiene activo tras el ejercicio, el cuerpo sigue estando en una situación de alerta. Es por ello por lo que se recomienda no entrenar en las últimas horas del día, ya que el sistema simpático va a estar activo tras el entrenamiento y esto va a impedir una buena recuperación.