Las bacterias son organismos vivos unicelulares capaces de crecer, relacionarse y reproducirse de forma autónoma, mientras que los virus son organismos que 'son vividos' ya que solo tienen las instrucciones y necesitan utilizar los componentes de otras células (ácidos nucleicos, proteínas y encimas) para replicarse.

Diferencias físicas: las bacterias son mucho más grandes, como cuatro veces más que los virus. 

Estructura biológica: los virus son ADN o ARN cubiertos por una capa de proteínas —la cápsula—, mientras que las bacterias son células procariotas, o sea, organismos vivos con membrana celular, citoplasma con orgánulos, y material genético fuera de un núcleo, son procariotas —las de los humanos, p. ej., eucariotas porque tienen núcleo donde se encierra el material genético, ADN—. 

Reproductivas: los virus necesitan infectar células y usar sus mecanismos de reproducción para reproducirse. Es decir, el virus solo porta las instrucciones para reproducirse, no la maquinaria para ello. Las bacterias portan instrucciones (ADN) y maquinaria (orgánulos del citoplasma). Las bacterias, además, pueden obtener energía y nutrientes del medio mediante varios procesos (fotosíntesis, respiración), los virus, no. 

Otras: Las bacterias son sensibles a antibióticos, los virus no. Nunca te recuperarás de una enfermedad vírica tomando antibióticos. Otra diferencia es que causan enfermedades diferentes.

Una bacteria es un microorganismo formada por una única célula muy simple y de un tamaño muy pequeño, casi al límite de la visión de un microscopio óptico. Como ser vivo elemental que es, tiene vida autónoma y realiza las funciones vitales. 

Un virus es un agente infeccioso pero no es realmente un microorganismo. Y no es por no ser pequeño (es bastante menor que una bacteria), sino porque no tiene vida propia. De hecho, es un parásito obligado de alguna célula animal, vegetal o, incluso, bacteriana, de la cual toma su maquinaria para reproducirse. 

Por ello, el tratamiento que se debe hacer ante una enfermedad bacteriana y una enfermedad vírica es muy distinto: ya sabemos, por ejemplo, que un antibiótico adecuado es muy eficaz agente antibacteriano, pero no hace ABSOLUTAMENTE NADA a un virus.