Entre los diferentes tipos de Malware que existen, los virus son posiblemente los más conocidos debido a su capacidad para replicarse a sí mismos y los daños que pueden causar en el ordenador huesped (en diferentes niveles). En esencia son muy parecidos a los virus humanos en su "comportamiento", pues se propagan infectando otros archivos "saludables". Aunque necesitan que un humano haga click en el archivo con virus para ejecutar la infección. 

Los troyanos por su parte no pueden replicarse a sí mismos, necesitan engañar al usuario para que los dejen "entrar" al computador (por eso su referencia al caballo de Troya) haciéndose pasar por una aplicación o archivo legítimo, con capacidad también destructiva y abrir la puerta a atacantes humanos y no humanos (otros programas maliciosos).

Ambos son software malicioso ("malware") con potencial para llevar a cabo todo tipo de acciones perjudiciales. La diferencia entre ambos estriba en el mecanismo de propagación y en su forma de "existir". 

El virus es un código que se incrusta en otros ficheros, dependiendo de ellos. No funciona por sí mismo. Por otra parte, se reproduce sin ayuda del usuario aprovechando deficiencias en cuanto a seguridad en el sistema. Típicamente "infecta" fichero ejecutables existentes, aunque conviene tener presente que muchos ficheros pueden considerarse "ejecutables", no solo las aplicaciones. Por ejemplo, ficheros ofimáticos suelen tener cierta capacidad de ejecutar código. La entrada de un virus en el sistema puede producirse de muchas formas, entre ellas, cuando el usuario ejecuta o abre un fichero infectado. 

El troyano, por otra parte, es un ejecutable completo, capaz de funcionar por sí solo, pero no contiene código destinado a reproducirse. Por lo tanto necesita obligatoriamente que el usuario lo active, normalmente mediante engaños. Suele presentarse como un fichero "normal" junto con algún mensaje que incita al usuario a abrirlo. 

El resultado final en ambos casos es el mismo: un sistema comprometido en el que se pueden dar desde robo o secuestro de datos hasta llevar a que el sistema sea utilizado para atacar a terceros. La tendencia de los sistemas operativos a proteger las aplicaciones contra escritura por parte del usuario ha dificultado la difusión de virus; pero la difusión de troyanos es más difícil de parar debido al factor humano.