Las bacterias probióticas en el yogur deben sobrevivir al ácido del estómago y a las sales biliares del intestino delgado para llegar vivas al intestino grueso. Algunas cepas probióticas están especialmente adaptadas para sobrevivir a estas condiciones. No todas las bacterias probióticas se integran permanentemente en la microbiota intestinal. Muchas actúan de forma transitoria, ejerciendo efectos beneficiosos durante su paso, pero no colonizan de manera permanente el intestino. Es difícil determinar un porcentaje específico de bacterias que efectivamente se integran en la microbiota intestinal, ya que varía según la cepa probiótica específica, la dosis consumida, la frecuencia de consumo y las características individuales del huésped, como la composición de su microbiota existente y el estado de salud general. La evidencia de la efectividad y mecanismos de acción de los probióticos a menudo proviene de estudios in vitro e investigaciones clínicas. Estos estudios pueden proporcionar datos sobre la capacidad de ciertas cepas para sobrevivir al tracto gastrointestinal y ejercer efectos beneficiosos, pero aunque hay evidencia de que ciertas cepas probióticas en el yogur pueden sobrevivir al tránsito gastrointestinal y llegar al intestino, la integración y el impacto exacto en la microbiota intestinal varían y dependen de múltiples factores. La cantidad de bacterias que efectivamente se integran en la microbiota intestinal y su impacto a largo plazo aún son temas de investigación activa.