Depende del fruto seco en cuestión, ya que la botánica a veces nos da sorpresas. Pero, en general, la mayoría de frutos secos son semillas relativamente grandes (porque acumulan reservas para poder germinar) cubiertas por diversas capas que lo protegen. Lo que nosotros vemos habitualmente en una almendra con piel, por ejemplo, es la propia semilla con su piel interior (llamada tegumento), luego tiene una cubierta dura (esa con "agujeritos" ) que es la principal encargada de proteger y conservar la semilla para que la transporten animales a su madriguera lejos del árbol. Y envolviendo a esa capa dura suele haber otra más blanda que recubre todo el conjunto, y viene a ser lo que era el fruto entero (como un melocotón o una ciruela pero sin "chicha"), pero que no solemos ver en la tienda. Esto mismo ocurre por ejemplo con las nueces o los pistachos, pero no con las bellotas o las avellanas que apenas están cubiertas. Cada planta es un mundo por eso digo que la botánica da sorpresas. Te aconsejo que te fijes en árboles con frutos, verás como casi todas siguen el mismo patrón - semilla gorda -piel fina - cubierta mas o menos dura - y otra cubierta variable.