El iris, además de tener músculos que controlan la cantidad de luz que entra en el ojo a través de la pupila, también tiene unas células cargadas de pigmento (melanina). Las personas con ojos claros tienen poca melanina en estas células. De la misma forma que la melanina de la piel nos ayuda a protegernos de las radiaciones solares más peligrosas (la radiación UV), a mayor cantidad de melanina en el iris, mayor protección frente la luz tendremos en los ojos (es decir, un iris más oscuro realiza mejor esta función, como el diafragma de una cámara de fotos).

Así, las personas con poca melanina en general (rubias y con tez y ojos claros) suelen ser más sensibles a una exposición intensa de luz, y son más intolerantes o están incómodas cuando hay mucha luminosidad. Además de en el iris, también tenemos melanina en el epitelio pigmentario, que está en el fondo del ojo, unas células muy importantes para que nuestros fotorreceptores, las células que responden a la luz y nos permiten ver, estén protegidas y funcionen correctamente. Allí, la melanina se encarga de absorber el exceso de luz que llega a nuestra retina, lo que ayuda a disminuir la fotofobia (molestia ocular que se produce ante una iluminación excesiva).

Esta función del epitelio pigmentario también reduce el daño acumulado que la exposición prolongada al exceso de luz produce en los fotorreceptores, un fenómeno llamado «fotooxidación», por el cual los fotorreceptores se sobreestimulan y se genera una mayor cantidad de radicales libres y daño oxidativo. Es por esto, también, que las personas albinas (sin melanina o con poca cantidad de ella) son mucho más sensibles a la exposición solar, y deben proteger tanto su piel, como sus ojos, ya que pueden experimentar más fotofobia y fotooxidación.

El color de los ojos depende de la cantidad y la distribución de un pigmento café llamado melanina, en el iris. Simplificándolo al máximo, los ojos cafés tienen más pigmento que los azules, y hay muchísimos tonos de color de ojos entre unos y otros. El color del ojo humano depende de una multiplicidad de genes y no hay dos personas con exactamente el mismo color de ojos. En general, los ojos con más melanina (más oscuros) estarían más protegidos contra la radiación solar y aquellos con menos melanina (más claros) serían más sensibles a la misma y más propensos a sufrir molestias si se exponen a la misma.