Puede ser por dos motivos. Porque exista una alergia (respuesta exagerada que solo se da en algunos individuos) a las proteínas de la leche (que no a la lactosa, que es un hidrato de carbono) o porque exista una intolerancia a la lactosa, debido a no tener cantidad suficiente de la enzima (lactasa) encargada de su digestión. 

Existen varios tipos de intolerancia a la lactosa, pero en todos los casos son siempre reacciones dosis-dependientes (a más ingesta, más síntomas), que ocurren solo en algunos individuos. Lo que les pasa también a estos pacientes es que en algunos casos encontramos que toleran los lácteos fermentados (yogures, quesos...) pero no la leche, y esto se debe a que durante el proceso de fermentación se digiere parcialmente la lactosa, lo que supone que el producto final tenga menos cantidad y por lo tanto su digestión sea mejor.