En muchas propuestas pseudocientíficas como la Programación Neurolingüística y otras de corte psicoanalítico se establecen neuromitos como la de que albergamos distintos niveles de consciencia, de los cuales los subconscientes controlan los conscientes.
 
Si bien hay cierta base en que nuestro cerebro no procesa toda la información prestando atención a ella, esto no significa que exista algo como el subconsciente o el inconsciente; la realidad está más cercana al procesado simultáneo de información desde distintas áreas, a menudo retroalimentadas entre ellas, donde el resultado final puede ser más o menos automático, sobre todo tras una habituación.
 
En rigor, podemos hablar de un entrenamiento cognitivo-conductual consciente para modificar ciertos hábitos de conducta automatizados, pero la "pogramación del subconsciente" como tal suele conllevar una carga doctrinal de corte psicoanalítica, new-age o de neuromitos (muy de moda por el "neuromarketing") que puede desorientar al individuo sobre el funcionamiento real del cerebro, llevándole a realizar actividades estériles o contraproducentes para sus objetivos.