Como todo tratamiento todas las vacunas tienen efectos directos y efectos secundarios. Los directos consisten en la activación del sistema inmunitario dependiente de linfocitos B, que producen anticuerpos, o de T, que regulan la respuesta del sistema inmunitario (los Tayudantes) o eliminan las células infectadas (los Tcitotóxicos).

Respecto a los efectos secundarios, suelen proceder de una respuesta inflamatoria aguda que se puede dar en algunas personas con sus efectos colaterales como son dolor, hinchazón, dolor de cabeza, malestar general, etc..., y que se suelen ir en unos días o también algunos efectos impredecibles provocados por circunstancias especiales de algunas personas en las que el sistema inmunitario sobreactivado provoca efectos graves como pueden ser trombosis o síndromes autoinmunes, como el Guillén-Barré.
 
Si bien los efectos dependientes de la respuesta inflamatoria suelen ser benignos, los segundos pueden llegar a ser graves. Pero tanto en un caso como en otro, el efecto secundario no depende de un tipo de vacuna u otro sino de la activación del sistema inmunitario y estos efectos son mucho más intensos y graves si la activación depende no de una vacuna sino de la infección por el patógeno contra el que la vacuna ha sido diseñada.

Las vacunas, como los medicamentos, alimentos o cualquier producto destinado al consumo humano o animal no están libres de riesgos al 100%. Para evaluarlo se suele recurrir a medir su balance "riesgo/beneficio". Esto es, qué efectos adversos se han detectado y qué consecuencias tienen vs. qué previene, cura o nutre y en qué medida.

Para los medicamentos en investigación, las agencias son muy claras: bajo riesgo alto beneficio para el paciente. 

Cuando hablamos de vacunas, nos referimos a múltiples tipos de "medicamentos" de diferente naturaleza, lo que impide unificar la respuesta a esta pregunta en una lista de riesgos, ya que lo que es aplicable a la vacuna del tétanos, no lo es para la de la varicela, por poner un ejemplo. 

Lo que sí que es común para todas es que al haber sido aprobadas por la Agencia Española del Medicamento y Productos Sanitarios (AEMPS) o la Europea (EMA) y haber obtenido una licencia de comercialización, esa vacuna (o medicamento) es segura y los riesgos que potencialmente puede tener son bajos (a nivel de febrícula, debilidad, dolor local...etc), transitorios e incomparables frente a los causados por la enfermedad que previenen.

Por otro lado, debido muchas veces al desconocimiento o a las opiniones partidistas de algunas personas (bien sea por ganar notoriedad, dinero a costa de otros, rédito político o simplemente por ver el mundo arder) es fácil ver como se atribuyen propiedades dañinas, pseudocientíficas o hasta fantásticas a las vacunas (de todo tipo). Sin embargo, el 100% de las vacunas aprobadas, sin estar exentas de riesgos, son seguras y han sido probadas para comprobar su eficacia